Le héros principal de l'histoire qui se déroule dans un monde où magie et technologie coexistent, Tôma Kamijô, a le pouvoir d'annuler tout pouvoir surnaturel, appelé l'« Imagine Breaker », rien qu'en le touchant avec sa main droite. Il va faire la rencontre d'une nonne de l'Église anglicane, Index, qui est poursuivie par l'organisation de la Kaballe parce qu'elle possède dans sa mémoire la connaissance des 103 000 volumes de magie interdite. Index sera aidée par Tôma pour survivre et livrer son savoir à l'Église.

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