Mêlant fantastique, écologie et Japon traditionnel, Mushishi est une suite d’histoires ou de contes autour des mushi, une forme de vie primitive, plus élémentaire que toutes les autres formes de vies. Ces histoires narrent les péripéties de Ginko, un spécialiste des mushi, une des rares personnes à pouvoir les voir, et qui a le don d'attirer les mushi, ce qui fait qu'il ne peut pas rester longtemps dans un même endroit et le pousse à être un itinérant.

Chaque épisode relate une enquête sur des affaires plus ou moins étranges liées aux mushi, chaque mushi rencontré causant différents effets qui se manifestent toujours à travers leur rapport à l'humanité, malgré les hommes ou à travers l'utilisation qu'ils en font : ils vont des maladies aux dons extraordinaires, en passant par la fertilisation des terres ou encore la capacité à redonner la vie.

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