Light Yagami est un lycéen surdoué qui juge le monde actuel criminel, pourri et corrompu. Sa vie change du tout au tout le jour où il ramasse par hasard un mystérieux cahier intitulé « Death Note ». Le mode d'emploi inclus dans ce carnet indique que « la personne dont le nom est écrit dans ce cahier meurt ». D'abord sceptique, Light décide toutefois de tester le carnet et découvre que son pouvoir est bien réel. Il rencontre l'ancien propriétaire du Death Note, un dieu de la mort nommé Ryûk. Celui-ci déclare avoir volontairement laissé tomber son carnet dans le but de tuer son ennui.

Light décide d'utiliser le Death Note pour exterminer les criminels, dans le but d'éradiquer le Mal et de bâtir un monde parfait dont il sera le dieu. Il apprend peu à peu à se servir des pouvoirs du cahier et de ses règles. L'utilisateur peut seulement tuer une personne dont il connaît le visage, en y inscrivant son nom. Il dispose également de la possibilité d'en préciser la cause ainsi que les circonstances détaillées, la cause par défaut étant la crise cardiaque.

Les nombreuses morts inexpliquées de criminels à travers le monde attirent l'attention d'Interpol et du mystérieux L, un détective capable de résoudre n'importe quelle énigme, mais dont personne ne connaît l'identité . L décide d'enquêter pour capturer le tueur en série, surnommé par le grand public « Kira » (キラ^?, dérivé de la prononciation japonaise de « killer »). Entre Light et L, tous deux persuadés d'agir pour la justice, s'engage un duel psychologique et acharné dont sortira vainqueur celui qui trouvera en premier l'identité de l'autre.

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